結果的にはディスク容量が足りないのが全てで容量確保したら解決したんだけど。
ホームページは生きているものの、証明書エラーみたいのはでるし、ログインできない状態になってしまった。
こうなると投稿もできないし、メモをここに残しながらやるってことができないのがつらい。
まず証明書エラーの解決のためにSSL対応。1000円/年くらいかかってしまった。
前半
さくらVPSにSSL証明書を導入しHTTPS通信の構築
https://qiita.com/yoshizaki_kkgk/items/e6f39a5bfb99900b44b2
ファイル名は上にならったけど、HTTPの設定はこちら。
後半
さくらVPSでApache+SSL環境の構築(CentOS6.5+Apache+RapidSSL)
https://qiita.com/kazu56/items/a5eaa9afed4b76caf847
一番安いJPRSで、中間証明書はドメイン認証型(DV)にしてみた。組織としてはあやしいし。
https://jprs.jp/pubcert/service/
で、結果としてはSSL化はできたものの症状は改善せず。
MySQLを再起動したら起動しっぱいしたので今度はこれの再構築かな。と思って念の為VPSのファイルサイズを df -h で確認したら100%。Macからのバックアップの写真をやめるようにして容量確保。容量確保したら無事MySQLが起動できてすべての問題がなくなりました。